Radom Agencije rukovode slijedeća tijela:
- Generalni direktor
- Vijeće Agencije

Generalni direktor rukovodi Agencijom i,  u skladu sa Zakonom, odgovoran je za regulatorne funkcije, administrativne poslove i kadrovska pitanja, te uspostavljanje pravila o internim procedurama. Generalnog direktora bira Vijeće Agencije, a potvrđuje Vijeće ministara BiH. Mandat generalnog direktora traje 4 godine, a može se jednom obnoviti. Prema članu 40. Zakona o komunikacijama BiH, generalni direktor ne može biti zvaničnik sa zakonodavnim ili izvršnim ovlaštenjima na bilo kojem nivou vlasti, ili član organa političke stranke. Generalni direktor podnosi izvještaje Vijeću Agencije.

Vijeće Agencije se sastoji od sedam članova koje predlaže Vijeće ministara na osnovu liste kandidata koju je utvrdilo Vijeće Agencije, a imenuje ih Parlamentarna skupština Bosne i Hercegovine. Vijeće vodi Agenciju u strateškim pitanjima te usvaja kodekse i pravila za područja rada u nadležnosti Agencije. Pored toga, Vijeće ima i apelacionu funkciju u slučaju ulaganja žalbi na odluke koje donosi generalni direktor. Odluke u Vijeću donose se konsenzusom. U posebnim slučajevima, kad se ne može postići konsenzus, odluka se može donijeti prostom većinom ukoliko su najmanje četiri člana prisutna i glasaju.

Osnovne organizacione jedinice Agencije su Kabinet generalnog direktora, sektori i odjeljenja.

Sektori, kao osnovne organizacione jedinice, osnivaju se unutar područja rada Agencije, kako slijedi:

Područje telekomunikacija:
Sektor za licenciranje u telekomunikacijama
Sektor za interkonekciju i regulaciju tržišta u telekomunikacijama

Područje emitovanja:
Sektor za dozvole, digitalizaciju i koordinaciju u emitovanju
Sektor za programske sadržaje, prigovore i pravnu regulativu u emitovanju
Sektor za audiovizuelne usluge i međunarodnu saradnju u emitovanju

Područje pravnih, finansijskih i opštih poslova:
Sektor za pravne poslove
Sektor za finansijsko–računovodstvene poslove

Područje upravljanja radio spektrom:
Odjeljenje za radiodifuziju
Odjeljenje za fiksnu i mobilnu službu
Odjeljenje za međunarodnu koordinaciju i regulativu

Područje radio-monitoringa, informaciono tehničke podrške i kontrole poštivanja uslova dozvola:
Odjeljenje za radio-monitoring
Odjeljenje za informaciono-tehničku podršku
Odjeljenje za kontrolu poštivanja uslova dozvola

Ostali sektori:
Sektor za odnose s javnošću
Regionalni sektor Banja Luka
Regionalni sektor Mostar